La Iglesia de San Francisco, emplazada en la calle con el mismo nombre, es otro de los templos religiosos de Villamartín. De su altar destaca un retablo neoclásico, donado por el monarca Fernando VII, y el Cristo de Veracruz, una talla del siglo XVI. Otras imágenes que se encuentran en este templo, de gran valor para la comunidad religiosa local, son las de Santo Tomás, la de Nuestra Señora de La Soledad o un retablo de la Humildad y Paciencia de Jesús. En 1812 se llevó a cabo la lectura y jura de la Constitución en su interior, una vez fueron retiradas las tropas napoleónicas.